开好排水沟。不及时排水会使根系在缺氧的条件下生化反应产生甲醇（酒精），从而由于酒精中毒发生烂根，因此在整理苗床时要开好畦与畦之间的排水沟，防止苗床雨后受淹。

 　科学施肥。木瓜种植的幼苗根系幼嫩，施肥时以稀浓度为好，浓度太容易造成幼根吸收不了，反而使幼根细胞内的自由水向外渗透失水死亡而引起烂根。

 　及时预防虫害。木瓜幼苗根系被线虫为害后，幼根内部组织受破坏，阻碍了吸收和向植株输运养份，根部出现大小不同的肿瘤状导致烂根，发现时可用护树大将军+根施通灌根能诱导病毒集结，供护树大将军靶向消毒，抑制根部病毒传导式感染及叶片和果实，保证植株输导系统健康工作。