合理灌溉，灌水前要检测灌溉水（地表水）中是否携带香蕉枯萎病病菌。若有病菌，应做好水处理工作。
采用留芽种植，对发病园地较轻的植株周围土壤用生物熏蒸处理，同时加强田间灌排水和发病点的隔离，清除病株埋藏入土或焚烧，覆盖、深沟隔离等，并喷施护树大将军消毒杀菌，减少病菌滋生。对于中度发病园采用绿色化学熏蒸结合施用大量生物有机肥和土壤改良剂，加强田间灌排水管理，种植耐病品种。针对高发病园应选择适合的作物轮作后进行绿色化学熏蒸，并增加生物有机肥和土壤改良剂的施用，种植耐病品种，合理轮作。必要时用药剂进行防治。
